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En una de sus auditorías aleatorias, la Contraloría detectó varias irregularidades en los programas regionales de Conicyt, las que suman más de dos mil millones de pesos. Asimismo, descubrió anomalías en la asignación de ciertas becas de posgrado y lagunas en determinados procedimientos de Conicyt. Entre éstos se cuentan la falta de seguimiento de los becarios, la verificación de incompatibilidades entre becas y otras fuentes de financiamiento públicas.

La presidenta de Conicyt se defiende de estos cargos señalando que luego de revisiones, los dineros no rendidos apenas alcanzan a 20 millones de pesos, y que los otros problemas observados están en proceso de resolución mediante cambios a los sistemas, o no son problemas reales, sino que serían errores de apreciación del fiscalizador. En particular, las becas objetadas obedecen a procesos externos a Conicyt, como son los de la Fundación Fulbright o los de la Embajada Francesa.

Una evaluación objetiva parece indicar que los problemas se deben al aumento de los recursos para becas y a las nuevas tareas encomendadas a Conicyt, como la supervisión de los montos destinados a regiones provenientes del royalty minero. Éstos son difíciles de controlar por una institución sin sedes regionales. Y a pesar del aumento en los recursos disponibles para becas de posgrado, hubo contratiempos en su asignación, por lo que una cantidad importante de las becas disponibles no se otorgó. En efecto, los postulantes o las universidades que los acogían no cumplían los requisitos. El objetivo de los nuevos recursos no es subsidiar universidades extranjeras de segundo nivel, sino aumentar el capital humano de los postulantes más meritorios. En resumen, no se observan los casos de corrupción abierta que se han visto en otras reparticiones públicas, pero sí se detecta cierto desorden y falta de control, los que están en proceso de ser subsanados.

Estas dificultades de Conicyt ameritan un análisis de la administración de los recursos científicos. Uno de los grandes problemas del fomento de la actividad científica y tecnológica es la alta complejidad de evaluar entre las diversas alternativas de uso de los recursos, lo que requiere el juicio de expertos. Por ejemplo, un trabajo científico publicado en una revista extranjera no siempre tiene el mismo valor que una publicación en otra revista, ni son comparables fácilmente los estándares de excelencia en las distintas disciplinas. La evaluación requiere de expertos, normalmente representantes distinguidos de la investigación en las distintas áreas del conocimiento, cuyo prestigio y experiencia los convierten en "hombres buenos", en los que el sistema debe confiar. La dificultad estriba en la tentación de estos científicos de priorizar a sus propias áreas y departamentos. Por ello, los recursos terminan concentrándose en grupos pequeños pero productivos, sin que se extiendan a otros centros científicos con potencial, pero que no disponen de recursos. Este fue uno de los motivos para imponer a una presidenta de Conicyt que no pertenece al estrecho círculo de los científicos nacionales reputados, lo cual ha generado fuertes críticas provenientes de ese grupo. No es claro hasta ahora si las críticas son acertadas o representan intereses afectados.

A estas dificultades del fomento de las ciencias y la tecnología se agrega el aumento de los dineros disponibles, especialmente para becas de posgrado y programas regionales. Es natural que estos montos, destinados a grupos e individuos sin acceso anterior, pudieran ser menos productivos que aquellos entregados a otros más selectos que los recibían en el pasado. Con todo, esta menor rentabilidad es aceptada por un gobierno que desea descentralizar la ciencia y ampliar el acceso a becas de posgrado.